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不同的食品工厂由于产品种类不同, 故污染的霉菌种类也有所差异。共同的污染源可能来自于水、通风良否、操作人员与食品原料。
1 高湿度和水汽引起的霉菌污染
高湿度场所的霉菌污染，湿度高于85-90%的环境，霉菌会生长很快。食品加工过程中常产生大量水汽，易造成墙壁潮湿及冷凝水形成的情况。木质及混凝土结构的建材也会附着霉菌，故食品工厂内，宜少用木质的物体。
2 空气流动传播的霉菌污染
霉菌通过空气流动传播，生产车间空气净化效果不理想导致外界霉菌入侵。在建筑物的构造中, 应保持通风才不易产生霉菌。在一些通风不良的地方, 由于原料附着以及使用易吸湿的混凝土、木材及纤维等材质时, 一旦有霉菌生长时, 霉菌孢子会四散飞扬，其蔓延速度非常快速, 直接或间接的污染成品、输送带、机械与操作人员手指等处。当工厂旁为果园, 果实成熟开始腐烂长霉时, 空气中的霉菌也特别多, 此时也易造成工厂内空气的污染。在湿度高及通风不良的场所, 可看见枝孢霉、交链孢霉等霉菌生长。
3 水环境中的霉菌污染
一些水槽、水桶、水管、自来水的水龙头、自来水管、地板与底板等处, 由于长期贮水, 所以污染情形特别常见。如，车间地面、明沟、气帽有积水潮湿;冷凝水的管路、墙壁、天花板、空调口等;生产过程产生的液体废弃物未及时清理出车间;离墙离地近的设备表面、潮湿墙面、冷风机容易产生冷凝水滋生霉菌。
这些水环境中的霉菌, 属好湿性霉菌(孢子在Aw0. 9 以上萌发, 在Aw1 时为其最适生长Aw) , 在自然环境中孢子形成粘块状, 当接触水的瞬间即四散飞去,孢子粘块也会借空中浮游, 造成污染。
4 人员、物料不洁的霉菌污染
操作人员和物料也是霉菌的污染源。包材的污染，如瓦楞纸箱，包装或罐装食品的包装袋、包装瓶、瓶盖等;生产过程防护不当造成的霉菌污染;进入车间的人员手部消毒不彻底、不洁净衣物;物料不洁净带入霉菌。
5 食品原料的霉菌污染
食品原料中一些壳粉原料、畜肉、糖质原料、蔬菜与水果等所含的霉菌, 在工厂内的加工过程中四处飞散, 往往造成工厂内的霉菌污染。在肉品加工厂内的瓷砖上污染的霉菌, 主要为PhomaAureobasidium(为空气中的霉菌) 。在面包制造厂的搅拌机的外壁上, 可发现黑色斑点状的霉菌, 此类霉菌为壳粉原料中的主要霉菌———曲霉。
防治措施：
1 温湿度控制
控制车间的温度和湿度，温度在24度以下，湿度在55%以下，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。必要时应装设有效的换气设施,班中每2小时用风机及时将含有大量水分的空气排出车间， 以防止室内温度过高、蒸汽凝结或异味等发生。
2 化学处理
酒精喷雾消毒是制造食品时防止霉菌与细菌污染常用的方法, 每天班前、班后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、墙壁、下水道实施75%的酒精或消毒剂喷洒，杀灭霉菌。对于制造环境的天花板、壁面与地板等, 为防止霉菌污染, 应采用防腐蚀、抗霉菌与防止结露的施工及材料。
3 紫外线照射或臭氧处理
人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染(不可在有人情况下杀菌)。紫外线对霉菌孢子的杀菌效果有限时，可适当配合酒精喷雾等方法进行处理。
4 洁净室
人员的工作服、更衣室等，必须保持卫生清洁，定期清洗和进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染(不可在有人情况下杀菌)。紫外线对霉菌孢子的杀菌效果有限时，可适当配合酒精喷雾等方法进行处理。
5 车间卫生控制
首先要保持生产车间的内部工具的清洁和卫生，注意对一些卫生死角进行严格的卫生清理和保持(每半月实施一次深度清洁)。即管理者与操作人员应具有卫生观念, 随时注意操作的卫生与减少 污染的可能性 , 必须从加强员工卫生教育着手 。
