一般果皮角质层厚、表皮细胞层数多的辣椒较耐贮藏。栽培过程中应多施有机肥，增施磷、钾肥，及时防治病虫害。采收前2~3天内不宜浇水，更不宜在下雨天或雨后立即采收。采收已经充分绿熟的果实，果面光滑、有光泽，果肉厚而坚硬。过嫩的果实，呼吸作用强，果肉薄，贮藏后易褪绿、萎蔫。过老的果实贮藏期间容易转红，变软，风味变差。采摘后，剔除病、虫、受损伤果。同时，采摘、选果、包装、运输过程中，要轻拿轻放，防止机械伤。果实采后放入垫纸的筐中，置于凉爽处预冷1天，待果实的温度降低，果面变凉、变干后进行贮藏。
辣椒适宜的贮藏温度为7~9℃，低于6℃易受冷害，相对湿度为85%~90%，气体成分为2~4%，二氧化碳低于4%。辣椒保鲜可采用低温人工气调贮藏。贮藏过程中要防止辣椒干腐、软腐、各种变色斑、组织肿大或坏死、表面粗糙等，以及中毒、劣变、冷害等。
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